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Prima di tutto una precisazione: la discedenza divina di Lúthien deriva dal lato materno, più che da quello paterno. In generale, i Sindar sarebbero da considerarsi "elfi minori" perchè non completarono mai il Grande Viaggio verso Valinor e, di conseguenza, non videro mai la luce dei Due Alberi. Tuttavia, proprio grazie alla presenza di Melian, beneficiarono indirettamente dell'influenza riflessa di Valinor e questo li rese più "grandi" (culturalmente) tra tutti gli altri elfi che non attraversarono mai il Grande Mare. Per cui, a parte la linea diretta della Casa di Thingol, non c'è lignaggio divino in tutti i Sindar, solo una generale "superiorità" rispetto agli altri elfi.
Riguardo alla tua domanda specifica, la spiegazione è piuttosto semplice: il legendarium di Tolkien è un'opera incompleta. Tolkien non arrivò mai a delineare completamente la genealogia di Legolas. Il nome del padre (Thranduil) è citato solo nell'Appendice B de Il Signore degli Anelli, senza ulteriori dettagli sulla sua ascendenza. Il personaggio di Oropher, padre di Thranduil, viene menzionato solo in testi tardi, mentre Tolkien approfondiva la storia dei regni degli Elfi Silvani per cercare di legare meglio i racconti della Prima Era con le vicende della Guerra dell'Anello. É in questo frangente che Legolas diventa "Sindar". Quando Christopher Tolkien mise ordine alla bozze e le fuse in una storia fruibile al pubblico (Il Silmarillion) dovette fare delle scelte e tralasciò questi dettagli dal racconto (forse perchè in contraddizione con altri testi, o semplicemente perchè le rinvenne più tardi). Questi passaggi sono poi stati pubblicati nei Racconti Incompiuti.